As Segunda e Sexta Auditorias Militares Estaduais têm a competência para processar e julgar ações judiciais contra atos disciplinares militares. O Juiz de Direito titular da Segunda ou Sexta Auditoria Militar Estadual de maior antiguidade exercerá a Corregedoria Permanente da Coordenadoria de ambas as Auditorias.

A estrutura organizacional inclui cartório comum para as Auditorias, composto pela Coordenadoria das Segunda e Sexta Auditorias Militares Estaduais (CAME2-6), Seção Processual da Segunda Auditoria Militar (SP2), Seção Processual da Sexta Auditoria Militar (SP6) e Seção de Execuções Cíveis (SEC).