A competência da Justiça Militar Estadual, delineada pela Constituição Federal e legislações estaduais, abrange o processamento e julgamento de crimes militares cometidos por militares estaduais no exercício de suas funções ou decorrentes delas. Desde a Lei nº 13.491/2017, essa competência se estende aos delitos previstos no Código Penal comum e em legislação penal extravagante, quando praticados por militares estaduais. No entanto, a Justiça Militar Estadual não tem jurisdição sobre crimes dolosos contra a vida de civis, os quais são julgados pelo tribunal do júri.
A Justiça Militar Estadual é um órgão do Poder Judiciário presente em todos os Estados da Federação na 1ª Instância, com tribunais autônomos de segunda instância em Minas Gerais, São Paulo e Rio Grande do Sul. A competência cível da Justiça Militar Estadual, estabelecida desde a Emenda Constitucional nº 45/04, inclui o processamento e julgamento de ações contra atos disciplinares militares. Na esfera criminal, os juízes de direito do juízo militar singular tratam das ações envolvendo crimes militares cometidos contra civis, enquanto os Conselhos de Justiça presididos por juiz de direito julgam os demais crimes militares.
As ampliações de competência em 2004 e 2017 fortaleceram a Justiça Militar Estadual, tornando-a mais abrangente e reforçando a qualidade da prestação jurisdicional. O Tribunal de Justiça Militar do Estado de São Paulo (TJMSP), como exemplo, além de revisar recursos da primeira instância, possui competências originárias, como decidir sobre a perda de posto e patente de oficiais e graduação de praças, e julgar o Chefe da Casa Militar e o Comandante Geral da Polícia Militar em crimes militares.
