A Presidência é o órgão responsável pela administração do Tribunal de Justiça Militar de São Paulo. O presidente é um juiz eleito por seus pares, integrantes do Tribunal Pleno, a cada dois anos, e tem suas competências jurisdicionais e administrativas definidas pelo Regimento Interno do TJMSP, observado o que dispõe a Lei Orgânica da Magistratura Nacional.

Compete ao presidente velar pelas prerrogativas do Tribunal, representando-o perante os demais Poderes e autoridades; presidir as sessões do Pleno; zelar pelo sistema de gestão de qualidade; relatar em plenário as representações contra os juízes do Tribunal; instaurar processos para verificação de incapacidade de magistrados e presidi-los até razões finais, inclusive; instaurar processos administrativos e sindicâncias contra os servidores do Tribunal por infração disciplinar, aplicando as penas cabíveis em lei; exercer o poder de polícia, mantendo a ordem e o decoro no Tribunal.