Em 1ª instância, a Justiça Militar Estadual de São Paulo conta atualmente com seis Auditorias Militares (equivalentes às Varas da Justiça Comum), subordinadas à Corregedoria-Geral da Justiça Militar, das quais três possuem competência criminal (1ª, 3ª e 4ª AMEs), duas possuem competência cível (2ª e 6ª AMEs), além da Auditoria de Distribuição de 1ª Instância, dos Serviços da Correição Permanente e das Execuções Criminais (5ª AME), todas sediadas, assim como o próprio TJMSP, na Rua Dr. Vila Nova, 285, Vila Buarque, São Paulo/SP. 

A 1ª Instância conta com sete juízes de direito do juízo militar, sendo seis titulares e uma juíza de direito substituta. Esses juízes processam e julgam, singularmente, os crimes militares cometidos contra civis (com exceção dos dolosos contra a vida), e as ações judiciais contra atos disciplinares militares. Peculiaridade da Justiça Castrense, na 1ª Instância também são realizados julgamentos colegiados, igualmente com composição mista. 

Os Conselhos de Justiça, presididos pelo juiz de direito do juízo militar, processam e julgam os demais crimes militares. O Conselho Especial de Justiça (que é constituído para cada processo) é composto por um juiz de direito do juízo militar (Presidente) e quatro juízes militares de posto superior ao do acusado, tendo como competência processar e julgar oficiais militares tenentes, capitães, majores, tenentes-coronéis e coronéis) da Polícia Militar nos crimes militares cujas vítimas não sejam civis. 

Assim como na 2ª Instância, nela atuam membros do Ministério Público do Estado de São Paulo, da Defensoria Pública do Estado de São Paulo, da Procuradoria-Geral do Estado de São Paulo e advogados particulares. A 1ª Instância é composta pela seguinte estrutura: 
   –    Magistrados
    –   Auditorias Criminais 
    –   Cartórios Criminais 
    –   Auditorias Cíveis 
    –   Cartório Cível 
    –   5ª Auditoria Militar Estadual (AME) 
    –  Juiz das Garantias
    –   Coordenadoria das Execuções Criminais 
    –   Coordenadoria de Distribuição e dos Serviços de Correição Permanente