A instrução criminal, bem como o julgamento dos processos na primeira instância da Justiça Militar são realizados perante os Conselhos de Justiça.

São duas as espécies de Conselhos de Justiça:

Conselho Permanente de Justiça: Compete-lhe processar e julgar as Praças (soldados, cabos, sargentos, subtenentes e aspirantes a Oficial) da Polícia Militar nos crimes militares definidos em lei. Uma vez constituído, funcionará durante três meses consecutivos, coincidindo com os trimestres do ano civil;

Conselho Especial de Justiça: Compete-lhe processar e julgar os Oficiais (tenentes, capitães, majores, tenentes-coronéis e coronéis) da Polícia Militar nos delitos previstos na legislação penal militar. é constituído para cada processo e dissolvido após a conclusão dos trabalhos, reunindo-se novamente a cada ato processual. Os Juízes Militares que integrarem os Conselhos Especiais serão de posto superior ao acusado, ou do mesmo posto e de maior antiguidade. No caso de pluralidade de agentes, servirá de base à constituição do Conselho Especial a patente do acusado de maior posto.

O Conselho Permanente de Justiça, bem como o Conselho Especial, é composto pelo Juiz de Direito (membro do Poder Judiciário Estadual) e por quatro Juízes Militares (sorteados entre os Oficiais da ativa da Polícia Militar), ambos presididos pelo Juiz de Direito.

Se a acusação abranger Oficial e Praça, será constituído Conselho Especial de Justiça para o processamento e julgamento do feito.